Mapa de tramas de Águila Roja.

Primera
-La Logia, una organización secreta conspira para derrocar al Rey del Imperio español, Felipe IV. El objetivo principal es que los borbones franceses se hagan con el poder. Para ello, tienen un candidato, Felipe de Valois.
A ella pertenecen miembros de la nobleza y posiblemente varios altos cargos de la iglesia, ¿Cardenal Mendoza?.

-El capitán Rodrigo traiciona a la sociedad y los amenaza con acusarles de Alta traición, por ello, al comisario de la villa le es encargado eliminarle. Durante una escaramuza, Rodrigo escapa y se cruza con Cristina, la mujer de el maestro de la villa. La mujer es arrestada y asesinada por posible complicidad.

-Agustín, un fraile, amigo y consejero del Rey, vela por la seguridad de sus hijos bastardos. Esos hijos son Hernán (El Comisario) y Gonzalo (El maestro).

-Gonzalo decide vengar la muerte de su mujer tras enterarse de que Hernán fue quién la mató, pero una revelación por parte de Agustín le frena: "El es tu hermano"

Segunda
-El Cardenal Mendoza, tras pasar varios años fuera de La Villa de Madrid regresa con un objetivo claro. Alcanzar el trono de San Pedro.
A toda costa intentará lograr ser el nuevo sumo pontífice y, para ello, chantajea al Rey para obtener su beneplácito y apoyo...

-El Rey, Felipe IV, se casó en secreto con una aristócrata francesa, Laura De Montignac, con la cual tuvo tres hijos. Hernán, Gonzalo y Ana (Esta última, posteriormente llamada Irene, al ser adoptada por El Cardenal Mendoza). Laura fue brutalmente asesinada por un miembro de la logia y por razones desconocidas. Su cadáver fue enterrado en el convento de las carmelitas descalzas.

-Por otro lado, existe una única prueba fundamental del matrimonio secreto. Un medallón que guarda un lienzo que conmemora en enlace. El medallón contiene dos partes y una de ellas está bajo poder de El Cardenal Mendoza, que, para ello, crucifica a Agustín para así robar la parte que el custodiaba.

-El Comisario se casa con Irene, la sobrina del Cardenal, sin saber que es su propia hermana.

Tercera
-Gonzalo descubre el apellido de su madre era Montignac, perteneciente a un marquesado francés. Sus investigaciones le llevan a un punto de encuentro entre su padre y su madre, un viejo torreón donde descubre que su madre permaneció encerrada durante un tiempo por mano de Agustín.

-Felipe IV recupera el medallón, mas el Cardenal tenía otro as bajo la manga. El paradero de Ana, quién ahora es conocida como Irene De Mendoza.

-Laura de Motignac es liberada tras enfermar de peste. Durante todos estos años había permanecido oculta y custodiada por Agustín y alguien en unas catacumbas bajo Madrid. Satur se topa con ella durante una escaramuza, sin saber que es la madre de su amo. Accidentalmente obtiene el diario de esta.

-Hernán e Irene al fin hacen el amor si saber que son hermanos.

Cuarta
-Laura de Motignac, con la ayuda de Agustín, fingió su propia muerte, para así engañar a El Cardenal Mendoza y al Rey, Felipe IV, autores del asesinato.
En el cadáver del asesino se aprecia el símbolo de la logia.

✺ El Cardenal Mendoza obtiene unas espadas que pertenecieron a los tres últimos caballeros templarios, quienes custodiaban El Santo Grial, cuya pieza le hará subir hasta la cumbre de la iglesia de Roma.

✺ La familia De Montignac era la encargada de custodiar el Grial, por ello, Laura, conocedora del secreto de su familia, va al puente de Briñas y busca el símbolo de la flor de lis para averiguar dónde está oculto y lo recupera.

-El Grial acaba en manos de Águila Roja.

✺ "Santo Grial" viene de "Sangreal" que a su vez significa "Sangre Real"

Quinta
-Gonzalo descubre que el Grial es la llave del tesoro de Los Templarios, quiénes acumularon grandes riquezas. Estos fueron perseguidos por la inquisición acusados de herejía.

-Laura de Montignac, consigue infiltrarse en el palacio real y esta apunto de acabar con la vida del heredero, pero muere asesinada por su propio hijo, Hernán, que, sin saberlo, ha matado a su propia madre por órdenes de El Cardenal Mendoza y de nuevo, de El Rey.

Sexta
✺ Un misterioso personaje, El Monseñor Adrián, llega enviado desde el Vaticano para hallar a los descendientes de Jesucristo y María Magdalena.

-Satur, que quedó encerrado en la cámara del tesoro de los Templarios, a punto de morir es salvado. Aunque afirma que se trató de un ser divino, alguien que conocía bien la cueva lo ayudó a escapar de una muerte segura. Más adelante descubrimos que se trata del Monseñor Adrián.

-El criado consiguió llevarse una lanza de oro, aunque, para su sorpresa, dentro de ella había varios pergaminos, los cuales contiene los nombres de los descendientes de Cristo. El último de ellos, sin fecha de defunción.

-En el manicomio del Sagrado Corazón de la villa aparece un hombre asesinado en extrañas circunstancias: Crucificado junto a la leyenda "VIVE"
El Monseñor comienza a investigar el extraño suceso.

-Monseñor Adrián roba de casa de Gonzalo la punta de la lanza dorada dónde se encontraban los pergaminos. Por otro lado, El Cardenal Mendoza, intenta asesinarle ya que no le revela la misión por la que ha sido enviado desde la iglesia de Roma.

-Águila Roja descubre que en los pergaminos aparece oculto el símbolo de la puerta negra, que da a un cementerio de libros dónde se esconden los mayores enigmas de la humanidad. En el grabado de la puerta, se aprecian ocultos los dibujos de unos monolitos en Ávila; que resultan ser un camposanto.

-Días después, Águila Roja y Satur descubren a Monseñor Adrián rondando cerca de los monolitos. Cuando este se va, Gonzalo descubre como activar el mecanismo que les conducirá hasta la puerta.
Bajo las raíces de un árbol milenario, se haya el objetivo. Para asombro de ambos, no solo hay una puerta negra, sino también una blanca.

Séptima
-Un tornado asola La Villa. De la guarida de Águila Roja sale volando un pergamino con el árbol genealógico de Gonzalo, que va a parar a manos de Hernán, quien descubre que Gonzalo es su hermano.

-Bajo el árbol, se abre el suelo y aparece un tablero de ajedrez con el emblema Final del camino. Sátur mueve una pieza y activa una trampa. Tras superar la prueba, se abren ambas puertas (blanca y negra) y ambas dan a un laberinto de espejos, dónde Satur encuentra oculto en una campana de cristal un pergamino con el retrato del descendiente de Jesucristo.

El Cardenal Mendoza se entera de que Monseñor busca al descendiente de cristo y ordena a sus hombres acabar con el. Aparentemente, el descendiente es un hombre de 30 años con los estigmas de cristo. Águila Roja, Satur y Monseñor arriesgan sus vidas para salvar a "Manuel", que así es como se llama el sucesor, pero este es atrapado por el Cardenal.

Satur y Monseñor Adrián son atrapados por los hombres de Mendoza y crucificados junto al supuesto descendiente. Por otro lado, aparece un bandido que muestra también los estigmas de Cristo, aunque aparentemente es ajusticiado en la horca, llegando tarde Águila Roja a su rescate.

Águila Roja rescata a Satur, Monseñor y Manuel y ordena a su criado a llevar a este último a un lugar a salvo para que rehaga su vida.